$infile = $ARGV[0];

for ($i = 1; $i <= 4; $i++) {
    for ($j = 1; $j <= 4; $j++) {
      if ($j == 1) {
        system "gawk -v na=$i -v io=1 -v mode=$j -f gc.awk $infile > gc.na$i.out";
      } else {
        system "gawk -v na=$i -v io=1 -v mode=$j -f gc.awk $infile >> gc.na$i.out";
      } 
    }
    system "gawk -v na=$i -f gc.table1.awk gc.na$i.out";
}